Adapté du best-seller de James Grady, Condor suit la cavale de Joe Turner, un jeune analyste de la CIA dont les collègues sont soudainement assassinés sous ses yeux. Sa vie étant désormais en danger, Turner, nom de code Condor, cherche à remonter au cœur d'une conspiration qui menace la vie de millions de personnes.

Joe Turner, un jeune analyste, apprend que la CIA utilise un algorithme qu’il a mis au point pour espionner les citoyens américains, et qui a permis de découvrir un complot terroriste qui menace la vie de millions de personnes.

Joe échappe à l’attaque de l’IEP, mais sa sécurité n’est pas assurée. Ne sachant pas à qui faire confiance, il se tourne vers Bob Partridge. Entre-temps, une équipe est mise sur pied pour enquêter sur le massacre. Sam ne sait pas quoi faire pour venir en aide à son meilleur ami, dont la vie est menacée.

La nouvelle du massacre de l’IEP se répand. Bob cherche un allié après avoir appris qu’il doit se retirer de l’opération destinée à retrouver Joe. Reuel se demande ce que Mae sait au sujet du comportement récent de Sam.

L’équipe qui est aux trousses de Joe se rapproche de lui, et il est obligé de prendre la fuite avec Kathy. Marty suspecte la présence d’une taupe dans son équipe, et Reuel s’inquiète de plus en plus de la loyauté de Bob. Pendant ce temps, les recherches de Joe le mènent à deux personnes importantes venues de son passé.

Reuel et Marty espèrent que Caleb Woolf leur permettra de capturer Joe. Pendant ce temps, Bob essaie de tirer de l’information de Joubert, et, à Riyad, un plan important se met en branle.

Mae est torturée par les questions restées sans réponses sur la mort de son mari. Caleb parle à Joe de sa source à la CIA, et les chemins de Joubert et de Boyd se croisent dans la maison de Kathy, ce qui les mène à une découverte cruciale.

Une autre personne proche de Joe est tuée. Bob Partridge parle de sa théorie sur l’attaque de l’IEP à Sharla. Entre-temps, Iris confie de l’information à Mae, ce qui met les deux femmes en danger.

Joe continue à rassembler des preuves. Bob met sur pied une mission pour capturer Joe sans l’approbation de Reuel. Iris communique de l’information à Mae au sujet de Sam et d’Elden. Nathan affronte Gareth.

Le passé traumatisant de Deacon refait surface. Sharla est à la poursuite de Joubert. Mae fait une découverte à glacer le sang. Maintenant que la cible de l’attentat est connue, Bob évalue les options qui s’offrent à lui, et Joe oblige Janice et Caleb à l’aider.

Le sens moral de Joe est mis une dernière fois à l’épreuve alors qu’il tente d’empêcher la dissémination du virus de la peste.