Illiger was the author of Prodromus systematis mammalium et avium (1811), which was an overhaul of the Linnaean system. It was a major influence on the adoption of the concept of the 'Family'. He also edited the Magazin für Insektenkunde widely known as Illiger's Magazine.
Beschreibung einiger neuer Käfer, in: Schneider's entomologisches Magazin (1794) - Description of some new beetle.
Nachricht von einer in etlichten Gersten- und Haferfeldern um Braunschweig wahrscheinlich durch Insecten verursachten Verheerung, in: Brauschweigisches Magazin 50 (1795). - News about barley and oat fields near Braunschweig likely devastated by insects.
Verzeichniß der Käfer Preußens. Entworfen von Johann Gottlieb Kugelann (1798) - Directory of beetles found in Prussia.
Die Wurmtrocknis des Harzes, in: Braunschweigisches Magazin 49-50(1798) - Bark beetles found in resin.
Die Erdmandel, in: Braunschweigisches Magazin 2 (1799) - The nutsedge.
Versuch einer systematischen vollständigen Terminologie für das Thierreich und Pflanzenreich (2006) - Attempt to systematically complete terminology for the animal and plant kingdoms.
Zusätze und Berichte zu Fabricius Systema Eleutheratorus. Magazin fur Insektenkunde 1. viii + 492 pp.(1802).
Über die südamerikanischen Gürtelthiere, in: Wiedemann's Archiv für die Zoologie (1804). - On the South American armadillo.
Die wilden Pferde in Amerika, in: Braunschweigisches Magazin 7/(1805). - Wild horses in America.
Nachricht von dem Hornvieh in Paraguay in Südamerika, in: Braunschweigisches Magazin 15-16 (1805). - Message about horned cattle of Paraguay.
Nachlese zu den Bemerkungen, Berichtigungen und Zusätzen zu Fabricii Systema Eleutheratorum Mag. fur Insektenkunde. 6:296-317 (1807).
Vorschlag zur Aufnahme im Fabricischen Systeme fehlender Käfergattungen. Mag. für Insektenkunde 6:318-350 (1807).
Prodromus Systematis Mammalium et Avium (1811).
Überblick der Säugthiere nach ihrer Vertheilung über die Welttheile. Abh. K. Akad. Wiss. Berlin, 1804-1811: 39-159 (1815).