L'île a été découverte par l'explorateur françaisJacques Cartier en 1534, qui lui donna son nom en l'honneur de son principal bailleur de fonds, Philippe Chabot, amiral de France et seigneur de Brion. Il faut cependant attendre le milieu du XIXe siècle pour qu'elle soit habitée. Elle est occupée durant près d'un siècle par la famille Dingwell qui y établit une conserverie. Elle sert ensuite jusqu'en 1970 de havre pour les pêcheurs du reste de l'archipel. On retrouve sur son sol le tiers des plantes des îles de la Madeleine ainsi que la presque totalité des écosystèmes, à l'exception des lagunes. C'est pour cette raison que ses propriétaires sont expropriés durant les années 1980 et qu'elle devient une réserve naturelle.
